“全能神”邪教组织自上而下建立了一套严密的组织体系，反侦察能力很强。在其内部组织体系中，最高者名义上为“女基督”，主要负责说话；身边有“七灵”，是她的助手，主要负责服侍、保护“女基督”，记载和帮助修改整理她的“著作”；实际上最高权力的掌握者是“大祭司”——赵维山，主要负责行政管理、安排各地行政教务、工作的差派、钱财的分配、书籍的印刷、教规的执行、设立各地方的领袖等。赵维山身边的核心人员被称为“圣灵所使用的人”，还是“全能神”总部“各部门的领导”，主要协助赵维山处理各个部门的教务工作，并为他出谋划策。另外， “全能神”在各省都设有分部，设立有“省级的分部领导”、“区级领导”、 “县级领导”和“城乡的领导”，逐级分管所在地区教务工作。
　　“全能神”各地的基层教会分大区——小区——分号教会，负责人叫“带领”。他们分10-20人为一小组， 40人为一小排。各排各组都有一名“上级”从外地调来的“讲道高手”相助；自上而下，每层安排一名漂亮女人供该层的“男负责人享用”，美其名日“过灵床”，又叫“三日轮转”。他们的每一层都设有一线、二线、三线、四线人员：一线主持工作，二线见证工作，三线摸底、铺路，即开展新的工作，四线接待服侍。他们在各地设有“联络站”，即接待点；特殊的“训练基地”，即训练窝点，专供软禁人、“审判”人、为人洗脑所用。每一层的领导身边还有一两名打手，一是为保护领导者的安全，二是为帮助领导惩治那些违反“行政”或他们认为该受咒诅的人。
　　“全能神”内部有模仿国家行政管理体系的组织运作和管理体系——省、市、县、乡、村、组层层严密的组织，有“国教”的教主——大祭司，有各地的“官员”——各级领导，有自己的“行政纲领”——“十条行政”，有不同阶层的“国民”——五种人，有“京都”——总部，现已由中国转设在美国，由教主赵维山“全权”遥控指挥在中国内地及世界各地的工作。
　　“全能神”内部纪律十分严格，在其《教会工作原则手册》中制定了几十项工作职责、规章制度和工作原则，要求所有参与者都必须严格遵照执行，否则将受到教规重处。
　　“全能神”的规定尤其严厉。它规定：信徒一旦入教，就永远不准退教，在教内还必须虔诚，三心二意也要遭受“神”（实际是教主的打手）的惩罚，教主通过使用恐怖手段，牢牢地控制着全部信徒，包括断手脚、割耳鼻、坐地牢、绞杀、毒杀等。“全能神”实际上就是一所人间地狱和恐怖组织，各地都有报复叛教者的事情发生。“全能神”还把宗教神职人员和国家公务员作为“工作”对象，拉拢、威胁他们入教，以瓦解对方。“全能神”吸引信徒的手段十分卑鄙，除了利益腐蚀，封官许愿以外，还行集体淫乱，设所谓“灵床”或“三日轮转”，提供专职的女信徒供人淫秽。此外，“全能神”内部对资金控制十分严密，分号教会所用经费不能超千元，区教会不能超2万元，多余收入均要秘密上缴，信徒必须尽“本分”，所有信徒财产皆归“神家”，传教者要与普通信徒同吃同住等等。